Programa de Pós Graduação em Física (PPGF)

Walter Filgueira de Azevedo Junior

"Let the light of science end the darkness of denialism."- see: https://elsevier.digitalcommonsdata.com/datasets/btchxktzyw/4

  • http://lattes.cnpq.br/4183276948524704 (05/09/2024)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq: Nível 1D
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade Federal de Alfenas. Rua Gabriel Monteiro da Silva - de 640/641 a 1098/1099 Centro 37130001 - Alfenas, MG - Brasil Telefone: (35) 37019000 URL da Homepage: https://github.com/azevedolab
  • Grande área: Ciências Biológicas
  • Área: Bioquímica
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações


Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (3)
    1. 2023-Atual. SFSXplorer (Scoring Function Space Explorer)
      Descrição: SFSXplorer (Scoring Function Space Explorer) is a Python package to explore the concept of Scoring Function Space (SFS). We can explore the SFS to build a computational model targeted to a specific protein system (targeted-scoring function). SFSXplorer employs binding affinity data and protein-ligand structures (docked or crystallographic) to train machine learning models to predict binding affinity. We base this SFS exploration on a scoring function with variable energy terms. This scoring function is a polynomial equation with terms accounting for van der Waals, hydrogen bonds, electrostatic, desolvation entropy, and torsional contributions. For the hydrogen-bond energy term, we do not focus on 12/10 potential only. SFSXplorer implements an n/m potential equation. We have the same flexibility for van der Waals terms. SFSXplorer calculates energy terms varying the exponents n and m. For electrostatic potential, we modify the permittivity function. We also have a flexible expression for the desolvation entropy term. We account for the torsional energy by employing the standard potential based on the number of torsion angles. Then, we may choose the set of energy terms with the best predictive performance. We have the flexibility for energy terms making available unexplored regions of the SFS. Dr. Walter F. de Azevedo Jr. proposed the initial idea of SFSXplorer, which now has an international team of scientists participating in its development and testing of SFSXplorer.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Walter Filgueira de Azevedo Junior - Coordenador / Fernanda Canduri - Integrante / Nelson José Freitas da Silveira - Integrante / Amauri Duarte da Silva - Integrante / GONZÁLEZ-VERGARA, ENRIQUE - Integrante / VILLARREAL, MARCOS A. - Integrante / QUIROGA, RODRIGO - Integrante / POROIKOV, VLADIMIR - Integrante / TARASOVA, OLGA - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.
    2. 2023-Atual. SAnDReS 2.0 (Statistical Analysis of Docking Results and Scoring functions)
      Descrição: SAnDReS 2.0 (Statistical Analysis of Docking Results and Scoring functions) brings advanced computational tools for protein-ligand docking simulation and machine-learning modeling. We have the newest version of AutoDock Vina, available in May 2023 (version 1.2), as a docking engine. Also, SAnDReS 2.0 has 54 regression methods implemented using Scikit-Learn, which allows us to explore the Scoring Function Space (SFS) concept. This exploration of the SFS permits us to have an adequate machine learning model for a targeted protein system. This approach creates computational models with superior predictive performance compared with classical scoring functions (also known as universal scoring functions). SAnDReS aims to merge the holistic view of systems biology with machine-learning methods to contribute to drug discovery projects. Dr. Walter F. de Azevedo Jr. proposed the initial idea of SAnDReS in 2016, which now has an international team of scientists participating in its development and testing.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Walter Filgueira de Azevedo Junior - Coordenador / Fernanda Canduri - Integrante / Nelson José Freitas da Silveira - Integrante / Amauri Duarte da Silva - Integrante / VILLARREAL, MARCOS A. - Integrante / QUIROGA, RODRIGO - Integrante / POROIKOV, VLADIMIR - Integrante / TARASOVA, OLGA - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.
    3. 2023-Atual. Taba (Tool to Analyze the Binding Affinity)
      Descrição: Taba (Tool to Analyze the Binding Affinity) generates scoring functions to predict binding affinity based on the atomic coordinates of a protein-ligand complex. It employs a polynomial equation where the terms are mass-spring potentials. Taba calculates average interatomic distances and takes them as equilibrium distances for a mass-spring potential. The mass-spring potential equation and the equilibrium constants for each pair of atoms compose the Taba Force Field (TFF). We are currently updating Taba and expect to release a new version of Taba by September/2023. It is indicated here (https://azevedolab.net/resources/img_taba_flowchart_2023_04.png) a flowchart highlighting the main steps of Taba.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Walter Filgueira de Azevedo Junior - Coordenador / Nelson José Freitas da Silveira - Integrante / Fernanda Canduri - Integrante / Amauri Duarte da Silva - Integrante / GONZÁLEZ-VERGARA, ENRIQUE - Integrante / VILLARREAL, MARCOS A. - Integrante / QUIROGA, RODRIGO - Integrante / POROIKOV, VLADIMIR - Integrante / TARASOVA, OLGA - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (6)
    1. Most influential researchers in the world according to a database created by Journal Plos Biology (https://elsevier.digitalcommonsdata.com/datasets/btchxktzyw/6), Elsevier-Plos Biology.. 2023.
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.
    2. Most influential researchers in the world according to a database created by Journal Plos Biology (https://elsevier.digitalcommonsdata.com/datasets/btchxktzyw/4), Elsevier-Plos Biology.. 2022.
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.
    3. Keynote lecture: Harnessing Machine Learning for Drug Discovery., XXVIII Symposium on Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery.. 2022.
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.
    4. Most influential researchers in the world according to a database created by Journal Plos Biology (https://elsevier.digitalcommonsdata.com/datasets/btchxktzyw/3), Elsevier-Plos Biology.. 2021.
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.
    5. Most influential researchers in the world according to a database created by Journal Plos Biology (https://doi.org/10.1371/journal.pbio.300091, Journal of PLOS Biology.. 2020.
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.
    6. Elite de Tecnologia da Revista Info-Exame 2005. Indicado entre os 10 professores universitários de destaque na área de informática., Revista InfoExame.. 2005.
      Membro: Walter Filgueira de Azevedo Junior.

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (22)
    1. XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular-SBBq. Structural Basis for Inhibition of CDK3 by Roscovitine. 2006. (Congresso).
    2. I Semana Acadêmica Interdisciplinar.Structural Bioinformatics. Palestra ministrada na I Semana Acadêmica Interdisciplinar - Faculdade de Biociências-PUCRS. 2005. (Seminário).
    3. XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular-SBBq. Structural models of shikimate pathway. 2005. (Congresso).
    4. XIV Reunião de Usuários do LNLS. Structural Basis for Inhibition of Human PNP by Immucillin-H. 2004. (Congresso).
    5. XXXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Crystal Structure of Human PNP in Complex with Ligands. 2004. (Congresso).
    6. Semana da Computação-2003.Bioinformática Estrutural em Cluster Beowulf. Aplicações da Computação na Era Pós- Genômica. 2003. (Seminário).
    7. XXVI Congresso Paulo Leal Ferreira. Palestra com título Bioinformática. 2003. (Congresso).
    8. XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Quaternary Structure Evaluation pf Human PNP in Solution Through SAXS. 2003. (Congresso).
    9. Congresso da Rede Nacional de Tuberculose. Estudo Estrutural de Enzimas Alvo para Desenho de Drogas. Rede Nacional de Tuberculose. 2002. (Congresso).
    10. II Workshop de Informática do Sul de Minas - WISM´2002. Bioinformática. 2002. (Congresso).
    11. I Mostra de Tecnologia da UNESP. Planejamento, Construção Adaptação de Clusters Beowulf para Problemas de Bioinformática; Desenvolvimento de Ferramentas de Bioinformática em Clusters Beowulf.. 2002. (Congresso).
    12. Workshop on Molecular Modeling in Biophysics - Methods and Applications - Sattelite Meeting IUPAB International Biophysics Congress. Comparative Modelling Using Modeller. 2002. (Congresso).
    13. XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Conformational Analysis of Eumenine Mastoparans Isolated from the Solitary Wasp Anterhynchium Flavomarginatum micado. 2002. (Congresso).
    14. II Workshop Temático do Center for Applied Toxinology-CAT. Modelagem Molecular de Toxinas.. 2001. (Congresso).
    15. XV Symposium of the Protein Society. Functional and Crystallographic Evidence for Cooperative Oxigen Binding without Quaternary Structural Changes. 2001. (Congresso).
    16. XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Analysis and Molecular Modeling of Anoplin a New Class of Amphiphilic Alpha-Helical Peptide from Solitary Wasp Venom. 2001. (Congresso).
    17. Congresso de Biofísica do Cone Sul. Beowulf and Mosix Class Supercomputers Applied to Computational Biophysics.. 2000. (Congresso).
    18. VI Simpósio da Sociedade Brasileira de Toxinologia-SBT.Structural Analysisnof an Eumenine Mastoparan Toxin: A New Class of Mast Cell Degranulating Peptide from Wasp Venom.. 2000. (Simpósio).
    19. XV Reunião da Sociedade Brasileira de Cristalografia. Crystallization of HR-1 a synthetic mastoparan. 2000. (Congresso).
    20. VIII Workshop Anual de Usuários do LNLS. Crystal Structure of Myotoxin-II: A Myotoxic Phospholipase A2-Homologue from Bothrops moojeni Venom. 1997. (Congresso).
    21. XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Estrutura cristalina do trans-dicloro[(trietilfosfina)(2-metilsulfinil) pirina]Pl. 1992. (Congresso).
    22. XIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Estudo da porosidade do caulim e metacaulim. 1990. (Congresso).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (2)
    1. DE AZEVEDO, WF.. Curso de Cristalografia de Proteínas-FIOCRUZ/Salvador-BA. 2007. (Outro).. . 0.
    2. DE AZEVEDO, WF.; PALMA, Mário Sérgio. II Workshop temático do Center for Applied Toxinology(CAT). Análise Estrutural e Funcional de Peptídeos Tóxicos. 2001. Congresso

Lista de colaborações

  • Colaborações endôgenas (1)
    • Walter Filgueira de Azevedo Junior ⇔ Ihosvany Camps Rodríguez (1.0)
      1. FREITAS, POLIANY G. ; ELIAS, THIAGO C. ; PINTO, ICARO A. ; COSTA, LUCIANO T. ; DE CARVALHO, PAULO V.S.D. ; DE Q. OMOTE, DANIEL ; CAMPS, IHOSVANY ; ISHIKAWA, TATI ; ARCURI, HELEN A. ; VINGA, SUSANA ; OLIVEIRA, ARLINDO L. ; JUNIOR, WALTER F.A. ; DA SILVEIRA, NELSON J.F.. Computational Approach to the Discovery of Phytochemical Molecules with Therapeutic Potential Targets to the PKCZ protein. Letters in Drug Design & Discovery. v. 15, p. 488-499, 2018. Qualis: B1




(*) Relatório criado com produções desde 1914 até 2114
Data de processamento: 30/09/2024 13:53:43