Departamento de Ciência da Computação

Nelson José Freitas da Silveira

Possui Graduação em Matemática Licenciatura pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1999)/UNESP, é Doutor em Biofísica Molecular pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (2005)/UNESP, é Pós-Doutor em Bioinformática pela Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (2006)/FAMERP, realizou Pós-Doutoramento no exterior pelo Instituto Superior Técnico/IST de Lisboa (2015). Atualmente é Professor na Universidade Federal de Alfenas/UNIFAL-MG. Tem experiência na área de Bioinformática Estrutural e Genômica, atuando principalmente nos seguintes temas: Modelagem Molecular por Homologia, Docking Proteína-Ligante, Desenho Racional de Fármacos, Bancos de Dados Biológicos e Identificação de Marcadores Moleculares em Câncer. (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/6853382226977684 (27/08/2024)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq:
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade Federal de Alfenas, Instituto de Ciências Exatas. Rua Gabriel Monteiro da Silva, 700 Centro 37130001 - Alfenas, MG - Brasil Telefone: (35) 37019602 Ramal: 9602 Fax: (35) 37019603 URL da Homepage: http://www.unifal-mg.edu.br
  • Grande área: Ciências Biológicas
  • Área: Biofísica
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (6)
    1. 2020-2022. Repositioning and combination of drugs for the treatment of SARS-CoV-2 infection: Predictive in silico modeling and validation of antiviral activity in vitro.
      Descrição: This project aims to combine computational tools applied to drug repositioning and in vitro studies to identify drugs with activity against SARS-CoV-2. Initially, the SARS-CoV-2 molecular targets that offer the greatest potential to be affected by the molecules/drugs of interest and trigger antiviral effects will be selected. Part of these targets has already been selected, considering the relevance proven in previous in vitro studies. Innovative molecular targets for SARS-CoV-2 will be determined from integrative transcriptome analysis. After selecting the targets of interest, the interaction and affinity between each target with the drugs in clinical use deposited in our database will be investigated, as well as promising molecules of natural origin already commercialized. The cytotoxicity of drugs/molecules and their combinations will be investigated in vitro in different cell types. The drugs/molecules and their combinations with greater potential for in silico interaction and less cytotoxicity in vitro will be investigated in relation to their activity against SARS-CoV-2.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Integrante / Marcos José Marques - Integrante / Luiz Cosme Malaquias - Integrante / Rômulo Dias Novaes - Coordenador / Jônatas Satos Abrahão - Integrante / Lívia Figueiredo Diniz - Integrante / Pedro Luiz Rolalém - Integrante. Financiador(es): Universidade Federal de Alfenas - Auxílio financeiro.
      Membro: Nelson José Freitas da Silveira.
    2. 2020-2022. Evaluation of the immunogenicity of epitopes rationally selected by reverse vaccination of structural proteins of SARS-CoV-2 and associated with BCG vaccine as a carrier and inducer of trained innate immunity.
      Descrição: Em função do potencial dessa associação gerar uma resposta imune, o coordenador da pesquisa aponta que os resultados terão impacto direto na qualidade de vida da população. ?Os resultados produzidos neste projeto poderão ter um grande impacto na saúde pública devido a possibilidade de identificar uma porção do vírus capaz de gerar uma resposta imune contra esse microrganismo e conseguir treinar a resposta imune do paciente ao ponto de melhorar a resposta inicial e evitar o desenvolvimento da doença?, argumenta, afirmando que será possível também, em colaboração com o Instituto Adolfo Lutz, auxiliar no diagnóstico da infecção pelo novo coronavírus.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Integrante / Leonardo Augusto do Almeida - Coordenador. Financiador(es): Universidade Federal de Alfenas - Auxílio financeiro.
      Membro: Nelson José Freitas da Silveira.
    3. 2017-Atual. Caracterização de adesinas em leveduras patogênicas como estratégia para prevenção de infecções causadas por biofilmes.
      Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Integrante / Ana Carolina Barbosa Padovan - Coordenador. Financiador(es): Universidade Federal de Alfenas - Auxílio financeiro.
      Membro: Nelson José Freitas da Silveira.
    4. 2011-2012. Análise de expressão gênica por bioinformática, utilizando dados de ESTs do projeto genoma câncer (hcgp).
      Descrição: Diversas pesquisas começaram a ser feitas a partir disto, tendo algumas, resultados animadores a respeito de marcadores molecular do câncer. A bioinformática está tornando-se assim, uma importante arma no diagnóstico e prevenção do câncer. Torna-se cada vez mais necessários estudos na área de sequenciamento genético, o primeiro passo, que foi o sequenciamento, foi dado, falta-se agora aprofundarmos cada vez mais na infinidade de informações que estes dados podem nos oferecer. A bioinformática oferece mecanismos rápidos e seguros para análise dos dados, programas como mysql, que é um sistema de gerenciamento de banco de dados, e Perl, que manipula textos e emite relatórios, podem ser utilizados sem muita dificuldade no processo de estudos das sequências. A estatística, com o teste exato de Fisher dá a fundamentação matemática para a comprovação de resultados. Enfim, pesquisas que possam resultar em alguma comprovação de marcadores são de suma importância para o conhecimento científico por si só, e por possíveis benefícios futuros que podem causar.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador / Lincoln Leandro Fonseca - Integrante.
      Membro: Nelson José Freitas da Silveira.
    5. 2008-2010. Abordagem computacional na identificação de marcadores tumorais e suas interações com drogas para descobrimento de novos alvos terapêuticos
      Descrição: A criação de uma base de dados de tumores de cabeça e pescoço, obtidos de resultados de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), microarranjos e proteômica, deve auxiliar de forma muito eficiente a identificação de marcadores tumorais obtidos do cruzamento de genes diferencialmente expressos em ambas as técnicas. Os novos marcadores selecionados por ferramentas desenvolvidas no presente projeto, possibilitarão a identificação de novos alvos terapêuticos a serem utilizados contra bases de dados de ligantes disponíveis publicamente. Os resultados, divulgados publicamente, permitirão a seleção, pelo usuário, de genes com expressão baixa ou elevada em tumores e revelar padrões metabólicos e de sinalização importantes para o desenho de alvos terapêuticos. Estes marcadores serão estudados utilizando programas de bioinformática estrutural para predição e análise de suas conformações 3D em complexo com ligantes selecionados por screening virtual. Com esta metodologia de identificação de marcadores e predição de estruturas 3D, será possível identificar, no âmbito estrutural, com maior precisão e utilizando as mais recentes e aceitas tecnologias de modelagem e interação com drogas em larga escala, novos alvos terapêuticos e drogas mais específicas para tratamento de pacientes com câncer. Os marcadores selecionados serão validados pela técnica de PCR em tempo real e os resultados têm potencial para identificar subtipos tumorais e sua correlação com diferentes parâmetros, como comportamento clínico e sensibilidade a diferentes terapias.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Nelson José Freitas da Silveira.
    6. 2005-2007. UMA ABORDAGEM COMPUTACIONA PARA A IDENTIFICAÇÃO DE ALVOS TERAPÊUTICOS COM BASE NOS DADOS DE TRANSCRIPTOMAS E PROTEOMAS DE TECIDOS TUMORAIS
      Descrição: O presente projeto tem como objetivo criar um banco de dados local com resultados de SAGE, microarranjos e proteômica e desenvolver algoritmos para realizar meta-analises em dados de expressão, selecionando marcdores em câncer de cabeça e pescoço para serem utilizados em diagnósticos mais rápidos e alvos terapêuticos mais específicos para tratamento com drogas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador / Eloiza Helena Tajara da Silva - Integrante / Wilson Araújo da Silva Jr. - Integrante / Alessandra Vidotto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Nelson José Freitas da Silveira.

Prêmios e títulos

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (32)
    1. 15 anos dos BIS e LIS: retrrospectiva, resistência e futuro.. A bioinformática como ferramenta de auxílio ao combrate a resistência antimicrobiana.. 2022. (Congresso).
    2. Congresso Internacional Movimentos Docentes, IV SEPAD e II PRATIC. 2021. (Congresso).
    3. Congresso Brasileiro Interdisciplinar em Ciência e Tecnologia. Atualização e Expansão da Biblioteca de Fragmentos do Software MB-Isoster.. 2020. (Congresso).
    4. X-Meeting. Building New Molecules by Bioisosteric Replacement using MB-Isoster Program.. 2019. (Congresso).
    5. X-Meeting. MOLECULAR MODELING METHODS APPLIED TO THE STUDY OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS TARGET PROTEINS. 2019. (Congresso).
    6. X-Meeting. COMPUTATIONAL APPROACH OF NSCLC MARKERS APPLIED TO DRUG DESIGN AGAINST PD-L1 AND HOMOLOGY MODELING BY TUSC2 (FUS1). 2019. (Congresso).
    7. Brazilian-International Congress of Genetics. The LincRNA Ultra-Conserved UC.112 and UC.160 are associated with childhood T-Cell acute lymphoblastic leukemia.. 2017. (Congresso).
    8. I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas.Identificação de Candidatos Vacinais em potencial para Trichosporon asahii Baseada na Tecnologia de Vacinologia Reversa. 2017. (Outra).
    9. I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas.Mesa-redonda: Biologia do Câncer.. 2016. (Outra).
    10. 2 DataStorm Summer School.2 DataStorm Summer School. 2015. (Simpósio).
    11. Building Insights Breaking Boundaries.Treinamento Elsevier nas bases de dados SciVerse ScienceDirect, SciVese Scopus e Compendex. 2011. (Oficina).
    12. Workshop on Synthetic Biology and Robotics. 2011. (Simpósio).
    13. X-Meeting. Validation of Molecular Dinamics on Experiments of New Drogs Identification.. 2011. (Congresso).
    14. X-Meeting. Bioinformatics Practical Course. 2011. (Congresso).
    15. X-Meeting. Bioinformatics Approach of cyclin-dependent kinases 1 and 3 complexed with inhibitors. 2011. (Congresso).
    16. 56. Congresso Brasileiro de Genética. Sexagem e sequenciamento parcial do Gene CDH1/Z de Mimus Saturninus Taxidermizado. 2010. (Congresso).
    17. CCIS 2010. Prediction of Segments in Proteins using LMProt Algoritm.. 2010. (Congresso).
    18. II ciclo de palestras em Biotecnologia.Bioinformática estrutural: métodos e aplicações. 2010. (Seminário).
    19. III Congresso Internacional Software Livre e Governo Eletrônico. Mysql. 2010. (Congresso).
    20. III Congresso Internacional Software Livre e Governo Eletrônico. Desenvolvimento e Gestão de um Curso Utilizando o Ambiente Moodle. 2010. (Congresso).
    21. SB-Meeting. COMPUTATIONAL APPROACH TO NEW ANTICANCER DRUG DEVELOPMENTS USING BIOINFORMATICS TO STRUCTURAL ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS IN HNSCC.. 2010. (Congresso).
    22. The 1st International Conference on Bioinformatics SOIBIO.. Prediction of Segments in Protein Using LMProt algoritm.. 2010. (Congresso).
    23. I Semana Acadêmica da Ciência da Computação.Métodos Computacionais Aplicados em Bioinformática. 2009. (Encontro).
    24. Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST).Molecular Markers Identification on HNSCC using Data from Different Experimental Techniques. 2006. (Simpósio).
    25. In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot. DBMODELING: A database of structural models of proteins. 2006. (Congresso).
    26. X Encontro Latino Americano de Iniciação Científica e VI Encontro Lationo Americano de Pós Graduação. Informática Biomédica: do paciente às metodologias computacionais. 2006. (Congresso).
    27. I Semana de Tecnologia da FATEC.Bioinformática. 2005. (Seminário).
    28. 1º Latin American Protein Society Meeting. Structural Bioinformatics Applied to the Study of Protein Targets from Mycobacterium tuberculosis Genome. 2004. (Congresso).
    29. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. DBMODELING: a Database of Protein Structural Models from Mycobacterium tuberculosis. 2004. (Congresso).
    30. I Escola de Computação de Alto Desempenho para Sistemas Complexos.Bioinformatics Study of Cyclin-Dependent Kinase 5 Complexed with Roscovitine. 2003. (Outra).
    31. SBBq. Bioinformatics Study of Cyclin-Dependent Kinase 5 Complexed with Roscovitine. 2003. (Congresso).
    32. Workshop on Molecular Modeling in Biophysics. Comparative Modeling: Problems and Solutions Using MODELLER. 2002. (Congresso).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (4)
    1. da Silveira, NJF. Semana do Calouro Darf-Biotec. 2018. (Outro).. . 0.
    2. da SILVEIRA, NJ F. Confraterniza UNIFAL-MG: Solidariedade, Cultura e Lazer.. 2018. (Outro).. . 0.
    3. da Silveira, NJF. Seminário de Iniciação Científica / SIC. 2014. (Outro).. . 0.
    4. da Silveira, NJF; REIS, A. V. ; VAZ, C. C. ; LIMA, M. B. ; RODRIGUES, L. ; GONCALVES, L. F. R. ; OLIVE, I. ; BARBIN, F. O. ; CAMPOS, J. V.. IV Ciclo de Palestras em Biotecnologia. 2013. Outro

Lista de colaborações

  • Colaborações endôgenas (0)



    (*) Relatório criado com produções desde 1914 até 2114
    Data de processamento: 30/09/2024 13:20:16